Avades Makerbot Desktop programmi avaneb kasutajale Prepare aken. Keset ekraani on tööpind, kus on näha kus mudel asetseb printimisalusel. Vasakul ääres on neli valikut. Esimene valik laseb kasutajal lihtsalt liigutada tööpinda. Teine valik laseb liigutada disaini tööpinnal. Kolmas valik laseb keerata disaini erinevate kraadide võrra. Viimane valik lubab suurendada või vähendada disaini suurust. Paremal pool üleval nurgas on kuus valikut. Esimene valik, ehk settings annab kasutajale võimaluse muuta printimise seadeid, näiteks ühe kihi paksust ja muud sellist. Add file lubaba kasutajal lisada tööpinnale uue mudeli, vana mudel jääb alles. Upload to library võimaldab mudeli üleslaadimise kasutaja kogusse. Preview valikuga saab vaadata, mitu kihti printer teeb printides ja on võimalik ka näha iga kihti eraldi. Export print file-ga on võimalik salvestada kõik tööpinnal olevad mudelid, et oleks võimalik vaid ühte faili avades avada samasugune tööpind. Kõige viimane valik, ehk print alustab printimist.

Vajutades üleval vasakul oleva Explore nime peale, siis ilmub kasutajale ette avastamise leht. Seal on toodud soovitatud kollektsioonid mudelitest, globaalne voog ja muud soovitatud asjad.

Vajutades sama koha peal olevale Library nupu peale kuvatakse kasutajale ette tema kogu.

Vajutades järgmise nupu peale Prepare, siis avaneb Store leht, kus on võimalik osta enda kogusse erinevaid mudeleid. Samuti on seal toodud kasutajani uued uuendused printeri enda jaoks, näiteks hetkel reklaamitakse seal Smart Extruder+-i.

Viimasele nupule vajutades avaneb kasutajale Learn leht, kus on toodud kasutajani erinevad videod õpetustest ja nippidest.

Minnes tagasi avalehele on näha paremal pool üleval kuus valikut.

Esimene valik on settings, sealt saaab muuta printimise seadeid. Algajal ei ole soovitatav seal seadeid muuta. Klikates sinna peale ilmub uus aken nimega Print Settings.

Üleval vasakul nurgas on kaks valikut, Quick ja Cutsom. Meie keskendume Custom valikule, kus saab muuta kõiki seadeid. Keskel olevas tulbas on toodud kasutajani seaded, mida on võimalik muuta.

Esimene valik on Device Settings, kus saab muuta ekstruuderi temperatuuri, liikumiskiirust, jahuti tugevust, kunas jahuti hakkab tööle ja miinimum aega kaua printer võib ühte kihti printida.

Teine valik on Extrusion Speeds, kus saab muuta kõikide printimise sektsioonide kiirust.

Kolmas valik on Infill, kus saab muuta mitu protsenti prinditakse mudel täis ja mis mustriga see prinditakse.

Neljas valik on Model Properties, kus saab muuta erinevate kihtide paksust.

Viies valik on Raft, kus saab muuda prindi aluse seadeid, näiteks seda, kui paks alus tehakse ja erinevate kihtide arvu.

Kuues valik on Supports and Bridging, kus saab muuta seda, kunas printer kasutab tugesid ja millised need toed on. Samuti on võimalik muuta toetavate sildade kõrgust.

Viimane valik on Extruder, kus saab muuta erinevaid seadeid ekstruuderil, näiteks filamendi diameetrit.